De rol van S4 in Bioconductor

Introductie tot Bioconductor in R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

Positief

CRAN, simpel maar krachtig
Flexibel en interactief
Gebruikt een generieke functie
Functionaliteit hangt af van het eerste argument
Voorbeeld: plot() en methods(plot)

Negatief

Slecht in type- en naamvalidatie (dot of geen dot?)
Overerving werkt, maar hangt af van de input

S4

Positief

Formele definitie van klassen
Hergebruik in Bioconductor
Heeft typevalidatie
Naamgevingsconventies

Voorbeeld: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

Negatief

Complexe structuur vergeleken met S3

Is het S4 of niet?

Check of een object S4 is

isS4(myDescriptor)

TRUE

str van S4-objecten begint met Formal class

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

S4-klassedefinitie

Een klasse beschrijft een representatie

name
slots (methoden/velden)
contains (overervingsdefinitie)

MyEpicProject <- setClass(# Definieer klassenaam met UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Definieer slots, handig voor validatie
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Definieer overerving        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

Objectoverzicht

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

Laten we oefenen!

Introductie tot Bioconductor in R