Het Bioconductor-project

Introductie tot Bioconductor in R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Bioconductor

Bioconductor

1 Bioconductor (www.bioconductor.org)
Introductie tot Bioconductor in R

Wat meten we en waarom?

  • Structuur: elementen, regio's, grootte, volgorde, relaties

structure-parts

  • Functie: expressie, niveaus, regulatie, fenotypes

function

Introductie tot Bioconductor in R

Hoe installeer je Bioconductor-packages?

  • Bioconductor heeft een eigen repository en manier om packages te installeren
# Install BiocManager
install.packages("BiocManager")

# Install the GenomicRanges package
BiocManager::install("GenomicRanges")
Introductie tot Bioconductor in R

Bioconductor-versie en packageversie

# Load BiocManager
library(BiocManager)


# Check Bioconductor version version()
Introductie tot Bioconductor in R

Packageversies controleren

# Load GenomicRanges
library(GenomicRanges)


# Check versions for reproducibility sessionInfo()
Introductie tot Bioconductor in R

Package-updates

# Check for package updates
valid()
Introductie tot Bioconductor in R

Laten we oefenen!

Introductie tot Bioconductor in R

Preparing Video For Download...