Introductie: biologie van genomische gegevenssets

Introductie tot Bioconductor in R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Organismen van de rijken van het leven

DNA_onderdelen

Genoomelementen

Genetische informatie DNA-alfabet
Een set chromosomen (sterk variabel aantal)
Genen (dragen erfelijke instructies)
- coderend en niet-coderend
Eiwitten (verantwoordelijk voor functies)
- DNA-naar-RNA (transcriptie)
- RNA-naar-eiwit (translatie)

Gist

Een eencellige micro-organisme
De schimmel waar mensen van houden ♥
Gebruikt voor fermentatie: bier, brood, kefir, kombucha, bioremediatie, etc.
Naam: Saccharomyces cerevisiae of S. cerevisiae

Gist

BSgenome-annotatiepakket

# Laad het pakket en sla gegevens op in yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Andere beschikbare genomen
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

Sequenties ophalen

getSeq(): S4-methode voor BSgenome

# Selecteer de volledige genomische sequentie
getSeq(yeast)


# Selecteer sequentie van chromosoom M
getSeq(yeast, "chrM")


# Selecteer de eerste 10 basenparen
getSeq(yeast, end = 10)

Laten we oefenen!

Introductie tot Bioconductor in R