De modelworkflow automatiseren

Modelleren met tidymodels in R

David Svancer

Data Scientist

De workflow stroomlijnen

De functie last_fit()

Werkt ook met classificatiemodellen
Versnelt het modelleerproces
Past het model op trainingdata en voorspelt op de testset

Net als bij fit() begin je met:

Een datasplit-object maken met rsample
Een model specificeren met parsnip

leads_split <- initial_split(leads_df, 
                             strata = purchased)


logistic_model <- logistic_reg() %>% 
  set_engine('glm') %>% 
  set_mode('classification')

Model fitten en metrics verzamelen

De functie last_fit()

parsnip-modelobject
Modelformule
Datasplit-object

De functie collect_metrics() berekent metrics op de testset

Standaard: accuracy en ROC AUC

logistic_last_fit <- logistic_model %>% 
  last_fit(purchased ~ total_visits + total_time,
           split = leads_split)


logistic_last_fit %>% 
  collect_metrics()

# A tibble: 2 x 3
  .metric  .estimator .estimate
  <chr>      <chr>       <dbl>
1 accuracy   binary      0.759
2 roc_auc    binary      0.763

Voorspellingen verzamelen

collect_predictions()

Maakt een tibble met alle kolommen voor yardstick-functies
Werkelijke en voorspelde uitkomsten met de testdata
Kanskolommen voor alle uitkomstcategorieën

last_fit_results <- logistic_last_fit %>% 
  collect_predictions()

last_fit_results

# A tibble: 332 x 6
   id             .pred_yes .pred_no .row .pred_class purchased
   <chr>            <dbl>    <dbl>   <int>   <fct>      <fct>
 1 train/test split  0.134    0.866     2      no        no
 2 train/test split  0.729    0.271    17      yes       yes
 3 train/test split  0.133    0.867    21      no        no
 4 train/test split  0.0916   0.908    22      no        no
 5 train/test split  0.598    0.402    24      yes       yes
# ... with 327 more rows

Aangepaste metric-sets

De functie metric_set()

accuracy(), sens() en spec()
- Vereisen truth en estimate
roc_auc()
- Vereist truth en een kolom met geschatte kansen

De functie custom_metrics() heeft alle drie nodig, met .pred_yes als laatste argument

custom_metrics <- metric_set(accuracy, sens,
                             spec, roc_auc)

custom_metrics(last_fit_results,
               truth = purchased,
               estimate = .pred_class,
               .pred_yes)

# A tibble: 4 x 3
  .metric  .estimator .estimate
  <chr>    <chr>          <dbl>
1 accuracy binary         0.759
2 sens     binary         0.617
3 spec     binary         0.840
4 roc_auc  binary         0.763

Laten we oefenen!

Modelleren met tidymodels in R