Grafische visualisaties in R met ggplot2

R voor SAS-gebruikers

Melinda Higgins, PhD

Research Professor/Senior Biostatistician Emory University

ggplot2-pakket

ggplot2 hexsticker-logo

ggplot2 is een krachtig grafiekpakket voor R
"GG" in ggplot staat voor de "grammar of graphics"
ggplot2 bouwt grafieken in lagen
Eén of meer geometrische objecten worden aan de basislaag toegevoegd

Lagen - basislaag

# Create plot for x=sex and y=diameter
ggplot(data = abalone, aes(sex, diameter))

Definieer de basislaag met ggplot()
Stel data = abalone in
Stel aes in op sex en diameter
Nog geen grafische objecten
x-as klaar voor sex
y-as klaar voor diameter
raster ligt al klaar

ggplot2 grafische omgeving, nog geen boxplot

Lagen - boxplot-geom toevoegen

# Add boxplot geometric object or geom
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot()

Met + voeg je een laag toe
Boxplot geom_boxplot() toegevoegd
Resultaat is een reeks boxplots
Abalonedia meters per geslacht
F female, I infant en M male

ggplot2 boxplots toegevoegd

Lagen - een thema toevoegen

# Add black white theme
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot() +
  theme_bw()

Voeg een "theme"-laag toe met theme_bw()
Verwijdert grijze achtergrond
Tekent zwarte rand om de plot

ggplot2 boxplot met black-white-thema

Vervang boxplot-geom door violin-geom

# Change to geom_violin()
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_violin() +
  theme_bw()

geom_violin vervangt geom_boxplot
Maakt een vioolvorm
Toont de dichtheidsverdeling
Kleine wijziging, nieuwe figuur

ggplot2 vioolplot

Histogram met één variabele

# Make histogram of shuckedWeight
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram()

Maak een histogram voor één variabele
Eén variabele = één esthetiek
Voeg geom_histogram() toe
Stel aes() in op shuckedWeight
Standaardkleuren moeten anders

ggplot2 histogram helemaal zwart

Histogram kleuren toevoegen

# Make lines black and fill light blue
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue")

Pas grafische parameters aan
Stel color van de bintervallijnen in
Stel fill-kleur voor de bins in
Elke optie gaat binnen de ()
Het histogram oogt veel beter

ggplot2 histogram met blauwe balken en zwarte lijnen eromheen

Histogram: titel en aslabels toevoegen

# Add x, y axis labels and title
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue") +
  xlab("Shucked Weight") +
  ylab("Frequency Counts") +
  ggtitle("Shucked Weights Histogram")

Voeg betere aslabels en titel toe
Gebruik xlab() en ylab() voor de assen
Gebruik ggtitle() voor de titel
Deze figuur is publiceerbaar!

ggplot2 histogram met aslabels en titel

Maak een scatterplot

# Make scatterplot with geom_point()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point()

Een scatterplot-aes heeft twee variabelen nodig
geom_point() voegt de punten toe
Spreidingsdiagram van schelpgewicht per aantal ringen

ggplot2 scatterplot van shellWeight per rings

Scatterplot: vloeiende lijn toevoegen

# Add smoothed fit line
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()

Voeg aan de scatterplot een geom_smooth()-lijn toe
Inclusief gearceerde betrouwbaarheidsband

ggplot2 scatterplot met vloeiende trendlijn

Maak panelen per andere variabele

# Add panels using facet_wrap()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  facet_wrap(vars(sex))

Voeg nog een laag toe aan de scatterplot
Maak panelen per abalone-geslacht
Voeg facet_wrap()-laag toe
vars(sex) bepaalt de variabele voor panelen

ggplot2 scatterplot met 3 panelen per geslacht

Rest van de cursus

Hoofdstuk 1 sluit af met een korte intro tot grafieken
- basis met ggplot2-vaardigheden
- visualiseer abalonematen per geslacht
Hoofdstuk 2 behandelt data wrangling
- maak de abalone-gegevensset schoon
Hoofdstuk 3 behandelt data-exploratie
- beschrijvende statistiek, correlaties en vergelijkende toetsen
Hoofdstuk 4 behandelt modelleren en resultaten tonen
- voorspel abaloneleeftijden op basis van metingen
- onderzoek modellen per geslacht

Laten we wat plots maken voor abalones

R voor SAS-gebruikers