Grafische visualisaties in R met ggplot2

R voor SAS-gebruikers

Melinda Higgins, PhD

Research Professor/Senior Biostatistician Emory University

ggplot2-pakket

ggplot2 hexsticker-logo

ggplot2 is een krachtig grafiekenpakket voor R
"GG" in ggplot staat voor "grammar of graphics"
ggplot2 bouwt grafieken in lagen
Je voegt één of meer geometrische objecten toe aan de basislaag

Lagen - basislaag

# Create plot for x=sex and y=diameter
ggplot(data = abalone, aes(sex, diameter))

Definieer basislaag met ggplot()
Zet data = abalone
Zet aes op sex en diameter
Nog geen geometrische objecten
x-as klaar voor sex
y-as klaar voor diameter
raster ligt klaar

ggplot2 grafische omgeving, nog geen boxplot

Lagen - boxplot-geom toevoegen

# Add boxplot geometric object or geom
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot()

Met + voeg je een laag toe
Boxplot geom_boxplot() toegevoegd
Resultaat: reeks boxplots
Abalonediameters per geslacht
F vrouw, I jong, M man

ggplot2 boxplots toegevoegd

Lagen - een thema toevoegen

# Add black white theme
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot() +
  theme_bw()

Voeg een "theme"-laag toe met theme_bw()
Verwijdert grijze achtergrond
Tekent een zwarte rand om de plot

ggplot2 boxplot met zwart-witthema

Vervang boxplot-geom door violin-geom

# Change to geom_violin()
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_violin() +
  theme_bw()

geom_violin vervangt geom_boxplot
Maakt een vioolvorm
Toont dichtheidsverdeling
Kleine aanpassing voor nieuwe figuur

ggplot2 vioolplot

Histogram met één variabele

# Make histogram of shuckedWeight
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram()

Maak een histogram voor één variabele
Eén variabele = één esthetic
Voeg geom_histogram() toe
Zet aes() op shuckedWeight
Standaardkleuren moeten anders

ggplot2 histogram alles zwart

Histogram: kleuren toevoegen

# Make lines black and fill light blue
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue")

Pas grafische opties aan
Stel color van randen in
Stel fill voor balken in
Opties staan binnen de ()
Histogram oogt veel beter

ggplot2 histogram met blauwe balken en zwarte lijnen rond balken

Histogram: titel en aslabels toevoegen

# Add x, y axis labels and title
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue") +
  xlab("Shucked Weight") +
  ylab("Frequency Counts") +
  ggtitle("Shucked Weights Histogram")

Voeg betere aslabels en titel toe
Gebruik xlab() en ylab() voor assen
Gebruik ggtitle() voor de titel
Deze figuur is publiceerbaar

ggplot2 histogram met aslabels en titel

Scatterplot maken

# Make scatterplot with geom_point()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point()

Een scatterplot aes heeft twee variabelen
geom_point() voegt punten toe
Scatterplot: schelpgewicht vs. ringen

ggplot2 scatterplot van shellweight per rings

Scatterplot: gladde trendlijn toevoegen

# Add smoothed fit line
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()

Voeg geom_smooth() toe aan de scatterplot
Inclusief gearceerde betrouwbaarheidszone

ggplot2 scatterplot met gladde trendlijn

Panelen maken per andere variabele

# Add panels using facet_wrap()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  facet_wrap(vars(sex))

Nog een laag aan de scatterplot
Maak panelen per abalone-geslacht
Voeg facet_wrap() toe
vars(sex) bepaalt de paneelvariabele

ggplot2 scatterplot met 3 panelen per geslacht

Rest van de cursus

Hoofdstuk 1 sluit af met een korte intro tot grafieken
- basisvaardigheden met ggplot2
- abalonemetingen per geslacht visualiseren
Hoofdstuk 2: data wrangling
- abalone-dataset opschonen
Hoofdstuk 3: data verkennen
- beschrijvende statistiek, correlaties, vergelijkende tests
Hoofdstuk 4: modelleren en resultaten presenteren
- abaloneleeftijden voorspellen uit metingen
- modellen per geslacht onderzoeken

Laten we wat plots voor abalones maken

R voor SAS-gebruikers