Introductie tot differentiële binding

ChIP-seq met Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq met Bioconductor in R

Monsters vergelijken

  • Twee groepen monsters: primair en behandelresistent tumor.

Vragen die we willen beantwoorden:

  • Lijken monsters binnen dezelfde groep over het algemeen op elkaar?
  • Zijn monsters uit verschillende groepen verschillend?
  • Wat zijn die verschillen?
ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

PCA-plots voor ChIP-seq-gegevens

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq met Bioconductor in R

Hiërarchische clustering

Bereken afstand tussen monsters

distance <- dist(t(coverage))

Maak dendrogram

dendro <- hclust(distance)

Plot dendrogram

plot(dendro)
ChIP-seq met Bioconductor in R

Heatmaps

Maak een heatmap van de dekkingsdata voor pieken

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq met Bioconductor in R

Laten we oefenen!

ChIP-seq met Bioconductor in R

Preparing Video For Download...