Wat is ChIP-seq?

ChIP-seq met Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

De data

  • Prostaatkankerpatiënten
    • 5 primaire tumormonsters
    • 3 therapieresistente monsters
  • ChIP gericht op androgeenreceptor
  • AR wordt geactiveerd door binding van testosteron
  • Geactiveerde AR reguleert genexpressie van doelgenen
ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq-data benaderen in R

  • BAM-bestanden laden
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Leescoördinaten ophalen
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Coverage berekenen
coverage(reads)
ChIP-seq met Bioconductor in R

Peak calls benaderen

  • BED-bestanden laden
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Piektcoördinaten ophalen
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Piek-scores extraheren
score(peaks)
ChIP-seq met Bioconductor in R

Laten we oefenen!

ChIP-seq met Bioconductor in R

Preparing Video For Download...