ChIP-seq: herhaling

ChIP-seq met Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Herhaling: data importeren

Laad peak-calls

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Maak een BamViews-object

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Laad de reads

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq met Bioconductor in R

Herhaling: ChIP-seq visualiseren

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

Herhaling: differentiële binding

ChIP-seq met Bioconductor in R

Herhaling: verrijkingsanalyse

ChIP-seq met Bioconductor in R

Verdergaan

ChIP-seq met Bioconductor in R

Goed gedaan!

ChIP-seq met Bioconductor in R

Preparing Video For Download...