ChIP-seq-gegevens opschonen

ChIP-seq met Bioconductor in R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Veelvoorkomende problemen

Onjuist gemapte reads kunnen valse pieken geven.

  • Genomische repeats.

ChIP-seq met Bioconductor in R

Veelvoorkomende problemen

Onjuist gemapte reads kunnen valse pieken geven.

  • Genomische repeats.

  • Onvolledige referentiesequentie.

ChIP-seq met Bioconductor in R

Veelvoorkomende problemen

Onjuist gemapte reads kunnen valse pieken geven.

  • Genomische repeats.

  • Onvolledige referentiesequentie.

  • Regio's met lage complexiteit.

ChIP-seq met Bioconductor in R

ChIP-seq met Bioconductor in R

Amplificatiebias

  • DNA-fragmenten uit cellen worden vóór sequencing meerdere keren gekopieerd.
  • Niet alle fragmenten leveren evenveel kopieën op.
  • Meerdere kopieën van hetzelfde fragment kunnen worden gesequencet.
  • Eén DNA-fragment kan de dekking opblazen en tot foutieve piek-calls leiden.
ChIP-seq met Bioconductor in R

Kwaliteitsrapporten

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

ChIP-seq met Bioconductor in R

Invoerbestanden voorbereiden

SampleID Factor Conditie Weefsel Behandeling bamReads Peaks PeakCaller
S1 AR primair primair prostaatcarcinoom gleasonscore: 3+4=7 S1.bam S1.bed macs
S2 AR primair primair prostaatcarcinoom gleasonscore: 3+4=7 S2.bam S2.bed macs
... ... ... ... ... ... ... ...
ChIP-seq met Bioconductor in R

Gegevens opschonen

  • Verwijder dubbele reads.
  • Verwijder reads met meerdere hits.
  • Verwijder reads met lage mappingkwaliteit.
  • Verwijder pieken in zwarte lijst-regio's.
ChIP-seq met Bioconductor in R

Gegevens opschonen

  • Verwijder dubbele reads.
  • Verwijder reads met meerdere hits.
  • Verwijder reads met lage mappingkwaliteit.
  • Verwijder pieken in zwarte lijst-regio's.
ChIP-seq met Bioconductor in R

Gegevens opschonen

  • Verwijder dubbele reads.
  • Verwijder reads met meerdere hits.
  • Verwijder reads met lage mappingkwaliteit.
  • Verwijder pieken in zwarte lijst-regio's.
    • Zwarte lijst-regio's zijn beschikbaar via het ENCODE-project.
ChIP-seq met Bioconductor in R

Laten we oefenen!

ChIP-seq met Bioconductor in R

Preparing Video For Download...