Mengukur morfologi

Analisis Citra Biomedis dengan Python

Stephen Bailey

Instructor

Morfologi

Oleh Keating, Steven. (2014) - Keating, Steven. (2014). Irisan MRI kranial pasien astrositoma pada 2007 dan 2014. Zenodo. doi:10.5281/zenodo.16852, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39593095

Cakupan spasial

Cakupan spasial adalah hasil kali dari:

Ruang yang ditempati tiap elemen
Jumlah elemen array

gambar-jantung-3d

# Hitung volume per voxel
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
dvoxel = d0 * d1 * d2

# Hitung jumlah voxel berlabel
nvoxels=ndi.sum(1, label, index=1)

# Hitung volume label
volume = nvoxels * dvoxel
volume

Transformasi jarak

overlay-jarak-pada-citra-asli

Jarak Euclidean

# Buat mask ventrikel kiri
mask=np.where(labels == 1, 1, 0)
# Dalam satuan voxel
d=ndi.distance_transform_edt(mask)

d.max()

12.3847

# Dalam satuan ruang
d=ndi.distance_transform_edt(mask,
    sampling=vol.meta['sampling'])
d.max()

5.8038

Titik berat

com=ndi.center_of_mass(vol,
                       labels, 
                       index=1)

com

(5.5235, 128.0590, 128.0993)

plt.imshow(vol[5], cmap='gray')
plt.scatter(com[2], com[1])
plt.show()

titik-berat

Ayo berlatih!

Analisis Citra Biomedis dengan Python