Pengukuran dalam Waktu

Analisis Citra Biomedis dengan Python

Stephen Bailey

Instructor

Ejection fraction

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

detak jantung

Ejection fraction

Prosedur

Segmentasi ventrikel kiri
Untuk setiap volume 3D dalam deret waktu, hitung volumenya
Pilih nilai minimum dan maksimum
Hitung ejection fraction

Hitung volume untuk tiap titik waktu

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

plot deret waktu

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

Hitung ejection fraction

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

maksimum-minimum berdampingan

Ayo berlatih!

Analisis Citra Biomedis dengan Python