Mengukur Intensitas

Analisis Citra Biomedis dengan Python

Stephen Bailey

Instructor

Mengukur intensitas

Kita memiliki label berikut untuk satu volume deret waktu jantung:

Ventrikel kiri
Bagian tengah

gambar jantung 2D dengan label

Fungsi

`scipy.ndimage.measurements`

ndi.mean()

ndi.median()

ndi.sum()

ndi.maximum()

ndi.standard_deviation()

ndi.variance()

Fungsi diterapkan pada semua dimensi, opsional pada label tertentu.

Fungsi kustom:

ndi.labeled_comprehension()

Memanggil fungsi pengukuran

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi
vol=imageio.volread('SCD-3d.npz')
label=imageio.volread('labels.npz')

# Semua piksel
ndi.mean(vol)

3.7892

# Piksel berlabel
ndi.mean(vol, label)

89.2342

# Label 1
ndi.mean(vol, label, index=1)

163.2930

# Label 1 dan 2
ndi.mean(vol, label, index=[1,2])

[163.2930, 60.2847]

Histogram objek

hist=ndi.histogram(vol, min=0, max=255, bins=256)

obj_hists=ndi.histogram(vol, 0, 255, 256, 
                        labels, index=[1, 2])
len(obj_hists)

Histogram objek

plt.plot(obj_hists[0], 
   label='Left ventricle')
plt.plot(obj_hists[1], 
   label='Other labelled pixels')
plt.legend()
plt.show()

plot histogram

Histogram yang memuat beberapa jenis jaringan akan memiliki beberapa puncak
Histogram untuk jaringan yang tersegmentasi dengan baik sering menyerupai distribusi normal

Ayo berlatih!

Analisis Citra Biomedis dengan Python