Transformasi spasial

Analisis Citra Biomedis dengan Python

Stephen Bailey

Instructor

Basis Data OASIS

logo OASIS

Variabilitas yang signifikan

array multi-otak

Registrasi

Selaraskan citra ke templat
Minimalkan variabilitas spasial
Templat:
- dapat mewakili banyak subjek
- bisa berupa citra "rata-rata"
Melibatkan banyak transformasi spasial

tiga-citra-terdaftar

Transformasi afin mempertahankan titik, garis, dan bidang

contoh transformasi

Translasi

kepala tergeser

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi

im=imageio.imread('OAS1036-2d.dcm')
im.shape

(256, 256)

com = ndi.center_of_mass(im)

d0 = 128 - com[0]
d1 = 128 - com[1]

xfm = ndi.shift(im, 
          shift=[d0, d1])

Rotasi

ndi.rotate(im,
           angle=25,
           axes=(0,1))

kepala berotasi

Rotasi citra

xfm = ndi.rotate(im, angle=25)

xfm.shape

(297, 297)

rotasi berubah bentuk

xfm = ndi.rotate(im, angle=25, 
              reshape=False)
xfm.shape

(256, 256)

rotasi normal

Matriks transformasi

Matriks transformasi: diterapkan pada satu citra untuk registrasi.

Elemen matriks menyandikan "instruksi" untuk berbagai transformasi afin.

citra dengan empat transformasi

Menerapkan matriks transformasi

# Matriks identitas
mat = [[1, 0, 0],
       [0, 1, 0],
       [0, 0, 1]]

xfm = ndi.affine_transform(im, 
                           mat)

citra asli

# Translasi dan penskalaan ulang
mat = [[0.8, 0,   -20],
       [0,   0.8, -10],
       [0,   0,   1]]
xfm = ndi.affine_transform(im,
                           mat)

citra tertransformasi

Ayo berlatih!

Analisis Citra Biomedis dengan Python