Panoramica dell'analisi DE

RNA-Seq con Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

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esperimento_fibrosi

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Panoramica dell'analisi DE

Flusso di lavoro DESeq2

RNA-Seq con Bioconductor in R

Flusso di lavoro DESeq2 - modello

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Flusso di lavoro DESeq2: Modello

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

oggetto deseq

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Flusso di lavoro DESeq2: Formula di disegno

metadata_esempio

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
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Flusso di lavoro DESeq2: Formula di disegno

metadata_esempio

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
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Flusso di lavoro DESeq2: Esecuzione

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

Oggetto DESeq

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