Analisi di espressione differenziale

RNA-Seq con Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

RNA-Seq con Bioconductor in R

Analisi di espressione differenziale: vignetta DESeq2

vignette(DESeq2)

Vignetta DESeq2

RNA-Seq con Bioconductor in R

esplorazione della vignetta

RNA-Seq con Bioconductor in R

workflow DESeq2

RNA-Seq con Bioconductor in R

Importare dati per DESeq2

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

conteggi wt per fibrosi

RNA-Seq con Bioconductor in R

Importare dati per DESeq2: metadata

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

metadata wt per fibrosi

RNA-Seq con Bioconductor in R

Esercitiamoci!

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