Riepilogo analisi DE RNA-Seq

RNA-Seq con Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

workflow

RNA-Seq con Bioconductor in R

Preparazione RNA-Seq

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QC

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Workflow RNA-Seq: Controllo qualità dei dati grezzi

Contaminazione della sequenza

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Allineamento

RNA-Seq con Bioconductor in R

Workflow RNA-Seq: Allineamento

Allineamento2

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Quantificazione

RNA-Seq con Bioconductor in R

Workflow RNA-Seq: Quantificazione

conteggi

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Workflow completo

RNA-Seq con Bioconductor in R

Preparazione all'analisi di espressione differenziale: oggetto DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

dati di conteggio

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Esercitiamoci!

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