Flusso di lavoro RNA-Seq

RNA-Seq con Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Flusso di lavoro RNA-Seq: progettazione dell'esperimento

  repliche biologiche

  • Repliche tecniche: In genere bassa variabilità tecnica, quindi non necessarie.

  • Repliche biologiche: Cruciali per le analisi di espressione differenziale RNA-Seq. Più repliche è meglio, ma almeno 3.

  • Effetti di batch: Evitali il più possibile e annota tutte le variabili sperimentali.

RNA-Seq con Bioconductor in R

flusso di lavoro

RNA-Seq con Bioconductor in R

Preparazione RNA-Seq

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QC

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Flusso di lavoro RNA-Seq: controllo qualità

Qualità delle sequenze

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Allineamento

RNA-Seq con Bioconductor in R

Flusso di lavoro RNA-Seq: allineamento

Allineamento al genoma

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Quantificazione

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Flusso di lavoro RNA-Seq: matrice di conteggi

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Matrice di conteggi

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Flusso completo

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risultati esempio

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Flusso completo

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A te!

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