Analisi di clustering non supervisionato

RNA-Seq con Bioconductor in R

Mary Piper

Instructor

Flusso di lavoro DESeq2 - QC

RNA-Seq con Bioconductor in R

Analisi di clustering non supervisionato: trasformazione log

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq con Bioconductor in R

esempio di heatmap

RNA-Seq con Bioconductor in R

Clustering gerarchico con heatmap di correlazione

# Estrai la matrice vst dall'oggetto
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Calcola le correlazioni a coppie
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

matrice di correlazione

RNA-Seq con Bioconductor in R

Clustering gerarchico con heatmap di correlazione

# Carica le librerie pheatmap
library(pheatmap) 

# Traccia l'heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq con Bioconductor in R

Clustering gerarchico con heatmap di correlazione

heatmap wildtype

RNA-Seq con Bioconductor in R

Esercitiamoci!

RNA-Seq con Bioconductor in R

Preparing Video For Download...