Analisi delle componenti principali

RNA-Seq con Bioconductor in R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Esempio di PCA

Analisi delle componenti principali (PCA): teoria

PCA: 2 campioni

Analisi delle componenti principali (PCA): teoria

PC2

Analisi delle componenti principali (PCA): teoria

Influenza delle PC

Analisi delle componenti principali (PCA): teoria

Influenza della PCA

Analisi delle componenti principali (PCA): teoria

Influenza della PCA

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5

Valori dei campioni in PCA

Esempio di PCA

Analisi delle componenti principali (PCA): teoria

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

Esercitiamoci!

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