Visualizzazione di reti

Introduzione all'analisi delle reti in Python

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Visualizzazioni irrazionali vs. razionali

Due rappresentazioni di grafi grandi. In entrambi i casi, la struttura è disordinata, come una matassa, e difficile da interpretare.

Visualizzare le reti

Plot a matrice
Arc plot
Circos plot

Visualizzare le reti

Plot a matrice
Arc plot
Circos plot

Plot a matrice

Una matrice 3x3 con colonne A, B e C e stesse etichette per le righe. Le celle sono nere dove i nodi del grafo corrispondente sono collegati. Accanto, un grafo con tre nodi A, B e C. A è collegato a B e a C, ma B e C non sono collegati direttamente.

Plot a matrice

La stessa matrice e lo stesso grafo di prima, ma ora la diagonale della matrice è grigia.

Plot a matrice

La stessa matrice e lo stesso grafo di prima, ma ora le celle (A, B) e (B, A) sono in giallo. Anche lo spigolo tra i nodi A e B è giallo.

Plot a matrice

La stessa matrice e lo stesso grafo di prima, ma ora le celle (A, C) e (C, A) sono in giallo. Anche lo spigolo tra A e C è giallo.

Matrici dirette

ch1-3.012.png

Visualizzare le reti

Plot a matrice
Arc plot
Circos plot

Arc plot

Due grafi con tre nodi ciascuno. Entrambi hanno nodi A, B e C, e archi tra A-B e A-C. Il primo dispone i nodi in linea e usa archi curvi. Il secondo dispone i nodi su un piano e usa linee rette.

Visualizzare le reti

Plot a matrice
Arc plot
Circos plot

Circos plot

ch1-3.018.png

Circos plot

Due grafi con sei nodi ciascuno. A sinistra i nodi sono in cerchio con archi circolari. A destra i nodi sono disposti a caso con archi rettilinei.

API di nxviz

import nxviz as nv
import matplotlib.pyplot as plt

ap = nv.arc(G)

plt.show()

Passiamo alla pratica !

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