Misurare la morfologia

Analisi di immagini biomediche in Python

Stephen Bailey

Instructor

Morfologia

Di Keating, Steven. (2014) - Keating, Steven. (2014). Sezioni craniche MRI di paziente con astrocitoma nel 2007 e 2014. Zenodo. doi:10.5281/zenodo.16852, CC0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=39593095

Estensione spaziale

L'estensione spaziale è il prodotto di:

Spazio occupato da ogni elemento
Numero di elementi dell'array

immagine-cuore-3d

# Calculate volume per voxel
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
dvoxel = d0 * d1 * d2

# Count label voxels
nvoxels=ndi.sum(1, label, index=1)

# Calculate volume of label
volume = nvoxels * dvoxel
volume

Trasformata di distanza

sovrapposizione-distanza-sull-originale

Distanza euclidea

# Create a left ventricle mask
mask=np.where(labels == 1, 1, 0)
# In terms of voxels
d=ndi.distance_transform_edt(mask)

d.max()

12.3847

# In terms of space
d=ndi.distance_transform_edt(mask,
    sampling=vol.meta['sampling'])
d.max()

5.8038

Centro di massa

com=ndi.center_of_mass(vol,
                       labels, 
                       index=1)

com

(5.5235, 128.0590, 128.0993)

plt.imshow(vol[5], cmap='gray')
plt.scatter(com[2], com[1])
plt.show()

centro-di-massa

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