Maschere

Analisi di immagini biomediche in Python

Stephen Bailey

Instructor

Immagine grezza

Cervello intero

Maschera dell'immagine

Maschera

Creare maschere

Le operazioni logiche danno True / False per ogni pixel

mat = np.array([[1, 2, 3],
                [4, 5, 6],
                [7, 8, 9]])

mat > 5

np.array([[False, False, False],
          [False, False, True ],
          [True,  True,  True ]])

Operazioni di esempio

hist=ndi.histogram(im, 0, 255, 256)

mask1 = im > 32

istogramma piede

maschera piede 1

mask2 = im > 64

mask3 = mask1 & ~mask2

maschera piede 2

maschera piede 1 e 2

np.where(condition, x, y) controlla quali dati passano attraverso la maschera.

import numpy as np

im_bone = np.where(im > 64, im, 0)

plt.imshow(im_bone, cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()

immagine con parti non ossee rimosse

m = np.where(im > 64, 1, 0)

maschera piede 1

ndi.binary_dilation(m,iterations=5)

dilatazione binaria maschera piede

ndi.binary_erosion(m,iterations=5)

erosione binaria maschera piede

Analisi di immagini biomediche in Python