Visualizzazioni grafiche in R con ggplot2

R per utenti SAS

Melinda Higgins, PhD

Research Professor/Senior Biostatistician Emory University

Pacchetto ggplot2

logo esasticker di ggplot2

ggplot2 è un potente pacchetto grafico per R
Le "GG" in ggplot stanno per "grammar of graphics"
ggplot2 costruisce i grafici a strati
Si aggiungono uno o più oggetti geometrici al livello base

Strati - livello base

# Create plot for x=sex and y=diameter
ggplot(data = abalone, aes(sex, diameter))

Definisci il livello base con ggplot()
Imposta data = abalone
Imposta aes su sex e diameter
Nessun oggetto grafico ancora
L'asse x è pronto per sex
L'asse y è pronto per diameter
La griglia è predisposta

ambiente grafico ggplot2 senza boxplot

Strati - aggiungi il geom boxplot

# Add boxplot geometric object or geom
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot()

L'operatore + aggiunge uno strato
Aggiunto il boxplot con geom_boxplot()
Il risultato è una serie di boxplot
Diametri degli abalone per sesso
F femmine, I giovani, M maschi

ggplot2 boxplot aggiunti

Strati - aggiungi un tema

# Add black white theme
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot() +
  theme_bw()

Aggiungi il livello "theme" con theme_bw()
Rimuove lo sfondo grigio
Disegna un bordo nero attorno al grafico

ggplot2 boxplot con tema bianco e nero

Cambia il geom boxplot in geom violin

# Change to geom_violin()
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_violin() +
  theme_bw()

geom_violin sostituisce geom_boxplot
Crea una forma simile a un violino
Riflette la distribuzione di densità dei dati
Piccola modifica per una nuova figura

ggplot2 violin plot

Istogramma a variabile singola

# Make histogram of shuckedWeight
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram()

Crea un istogramma per una variabile
Una variabile = una estetica
Aggiungi geom_histogram()
Imposta aes() su shuckedWeight
I colori predefiniti vanno cambiati

ggplot2 istogramma tutto nero

Istogramma: aggiungi colori

# Make lines black and fill light blue
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue")

Modifica i parametri grafici
Imposta il color dei bordi dei bin
Imposta il fill dei bin
Ogni opzione è dentro le ()
L'istogramma è molto più chiaro

ggplot2 istogramma con barre blu e bordi neri

Istogramma: aggiungi titolo ed etichette assi

# Add x, y axis labels and title
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue") +
  xlab("Shucked Weight") +
  ylab("Frequency Counts") +
  ggtitle("Shucked Weights Histogram")

Aggiungi etichette assi e titolo migliori
Usa xlab() e ylab() per gli assi
Usa ggtitle() per il titolo
Figura pronta per la pubblicazione!

ggplot2 istogramma con etichette assi e titolo

Crea uno scatterplot

# Make scatterplot with geom_point()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point()

Lo aes per lo scatterplot richiede due variabili
geom_point() aggiunge i punti
Scatterplot dei pesi del guscio per anelli

ggplot2 scatterplot di shellWeight per rings

Scatterplot: aggiungi linea smooth

# Add smoothed fit line
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()

Allo scatterplot aggiungi la linea geom_smooth()
Include l'area di confidenza ombreggiata

ggplot2 scatterplot con linea di adattamento smooth

Crea pannelli per un'altra variabile

# Add panels using facet_wrap()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  facet_wrap(vars(sex))

Aggiungi un altro strato allo scatterplot
Crea pannelli per ciascun sesso degli abalone
Aggiungi lo strato facet_wrap()
vars(sex) definisce la variabile per i pannelli

ggplot2 scatterplot con 3 pannelli per sesso

Resto del corso

Il Capitolo 1 si chiude con una breve introduzione ai grafici
- basi delle abilità grafiche con ggplot2
- visualizza le misure degli abalone per sesso
Il Capitolo 2 insegna data wrangling
- pulisci il dataset abalone
Il Capitolo 3 insegna metodi di esplorazione dati
- statistiche descrittive, correlazioni e test di confronto
Il Capitolo 4 tratta modellazione e presentazione dei risultati
- predici l'età degli abalone dalle misure
- esplora i modelli per sesso

Facciamo qualche grafico sugli abalone

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