Visualizzazioni grafiche in R con ggplot2

R per utenti SAS

Melinda Higgins, PhD

Research Professor/Senior Biostatistician Emory University

Pacchetto ggplot2

logo hexsticker ggplot2

ggplot2 è un potente pacchetto grafico per R
"GG" in ggplot significa "grammar of graphics"
ggplot2 usa layer sovrapposti per costruire grafici
Si aggiungono uno o più oggetti geometrici al layer base

Layer - layer base

# Crea grafico con x=sex e y=diameter
ggplot(data = abalone, aes(sex, diameter))

Definisci il layer base con ggplot()
Imposta data = abalone
Imposta aes su sex e diameter
Nessun oggetto grafico ancora
L'asse x è pronto per sex
L'asse y è pronto per diameter
La griglia è impostata

ambiente grafico ggplot2, nessun boxplot ancora

Layer - aggiungi geom boxplot

# Aggiungi il geom boxplot
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot()

L'operatore + aggiunge layer
Aggiunto geom_boxplot()
Risultato: serie di boxplot
Diametri degli abalone per sesso
F femmine, I giovani, M maschi

boxplot ggplot2 aggiunti

Layer - aggiungi un tema

# Aggiungi il tema in bianco e nero
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot() +
  theme_bw()

Aggiungi un layer "theme" con theme_bw()
Rimuove lo sfondo grigio
Disegna un riquadro nero attorno al grafico

boxplot ggplot2 con tema bianco e nero

Cambia geom boxplot in geom violin

# Cambia in geom_violin()
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_violin() +
  theme_bw()

geom_violin sostituisce geom_boxplot
Crea una forma a violino
Riflette la densità dei dati
Cambiamento semplice per una nuova figura

grafico a violino ggplot2

Istogramma a variabile singola

# Istogramma di shuckedWeight
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram()

Crea un istogramma per una variabile
Una variabile = una estetica
Aggiungi geom_histogram()
Imposta aes() su shuckedWeight
I colori predefiniti vanno cambiati

istogramma ggplot2 tutto nero

Istogramma: aggiungi colori

# Linee nere e riempimento azzurro
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue")

Modifica i parametri grafici
Imposta color dei bordi
Imposta fill delle barre
Ogni opzione va tra le ()
L'istogramma è molto più chiaro

istogramma ggplot2 con barre blu e contorni neri

Istogramma: aggiungi titolo e assi

# Aggiungi etichette degli assi e titolo
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue") +
  xlab("Shucked Weight") +
  ylab("Frequency Counts") +
  ggtitle("Shucked Weights Histogram")

Aggiungi etichette migliori e titolo
Usa xlab() e ylab() per gli assi
Usa ggtitle() per il titolo
Figura pronta per la pubblicazione

istogramma ggplot2 con etichette assi e titolo

Crea uno scatter plot

# Scatter plot con geom_point()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point()

Lo aes di uno scatter plot richiede due variabili
geom_point() aggiunge i punti
Scatter plot di shellWeight per rings

scatter plot ggplot2 di shellweight per rings

Scatter plot: aggiungi linea smussata

# Aggiungi linea di fit smussata
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()

Allo scatter plot aggiungi geom_smooth()
Include un'area di confidenza ombreggiata

scatter plot ggplot2 con linea di fit smussata

Crea pannelli per un'altra variabile

# Aggiungi pannelli con facet_wrap()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  facet_wrap(vars(sex))

Aggiungi un altro layer allo scatter plot
Crea pannelli per ogni sesso dell'abalone
Aggiungi il layer facet_wrap()
vars(sex) definisce la variabile per i pannelli

scatter plot ggplot2 con 3 pannelli per sesso

Resto del corso

Il Capitolo 1 chiude con una breve intro ai grafici
- basi grafiche con ggplot2
- visualizza misure di abalone per sesso
Il Capitolo 2 tratta il data wrangling
- pulisci il dataset abalone
Il Capitolo 3 tratta l'esplorazione dati
- statistiche descrittive, correlazioni e test di confronto
Il Capitolo 4 tratta modellazione e presentazione
- predici l'età degli abalone dalle misure
- esplora i modelli per sesso

Facciamo qualche grafico per gli abalone

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