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Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

John Blischak

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Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

Istogrammi dei p-value

  • funzione limma topTable

  • Specifica il contrasto

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

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Volcano plot

  • funzione limma volcanoplot

  • asse x: variazione log-fold dell'espressione tra i gruppi in contrasto

  • asse y: log odds di espressione differenziale

  • Specifica il contrasto, es. coef = "dox_wt"

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Test per l'arricchimento KEGG

  • funzioni limma kegga e topKEGG

  • Specifica il contrasto, es. coef = "dox_wt"

  • Specifica la specie topo con species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
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