Analisi dell'espressione differenziale

Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

John Blischak

Instructor

Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

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Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

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Qual è l'obiettivo di un'analisi di espressione differenziale?

  • Identificare i geni associati a un fenotipo di interesse
  • Esempi:
    • La risposta a uno stimolo come un farmaco
    • Cambiamenti durante lo sviluppo
    • L'effetto di una mutazione genetica
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

Perché l'espressione differenziale?

  • Novità

    • Ci sono altri geni interessanti?

  • Contesto

    • La misura per un dato gene è unica o comune?

  • Sistemi

    • Quali vie biologiche sono importanti?
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Molti passaggi per completare un esperimento

  • Progettare lo studio
  • Eseguire l'esperimento
  • Raccogliere i dati
  • Pre-elaborare i dati
  • Esplorare i dati
  • Testare i dati
  • Interpretare i risultati
  • Condividere i risultati
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Avvertenze

  • Le misurazioni sono relative, non assolute

  • Metodi statistici non salvano uno studio progettato male

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Esercitiamoci!

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