Pre-elabora i dati

Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

John Blischak

Instructor

Meccanismo della cardiotossicità indotta da doxorubicina

  • Disegno 2x2 per studiare il meccanismo della doxorubicina:
    • 2 genotipi: tipo selvatico (wt), Top2b nullo (top2b)
    • 2 trattamenti: PBS (pbs), doxorubicina (dox)
    • Zhang et al. 2012
dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3
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Ispeziona le feature

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

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Passi di pre-elaborazione

  • Trasformazione log

  • Normalizzazione per quantili

  • Filtro

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Controllo di sanità: boxplot di Top2b

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")
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Controlla le fonti di variazione

  • Analisi delle componenti principali

  • Funzione plotMDS di limma

  • Quanti cluster ti aspetti?

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Esercitiamoci!

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