Test di ipotesi

Casi di studio nel pensiero statistico

Justin Bois

Lecturer, Caltech

Effetti della mutazione sull'attività

1 Dati gentilmente forniti da Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou e David Prober, Caltech
Casi di studio nel pensiero statistico

Definizioni di genotipo

  • Wild type: Nessuna mutazione

  • Eterozigote: Mutazione su uno dei due cromosomi

  • Mutante: Mutazione su entrambi i cromosomi
Casi di studio nel pensiero statistico

Effetti della mutazione sull'attività

1 Dati gentilmente forniti da Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou e David Prober, Caltech
Casi di studio nel pensiero statistico

Effetti della mutazione sull'attività

1 Dati gentilmente forniti da Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou e David Prober, Caltech
Casi di studio nel pensiero statistico

Test di ipotesi

Valutazione di quanto siano plausibili i dati osservati assumendo vera un'ipotesi

Casi di studio nel pensiero statistico

p-value

La probabilità di ottenere un valore della tua statistica di test almeno estremo quanto quello osservato, assumendo vera l'ipotesi nulla

Casi di studio nel pensiero statistico

Statistica di test

  • Un singolo numero calcolabile dai dati osservati e da quelli simulati sotto l'ipotesi nulla

  • Funziona come base di confronto
Casi di studio nel pensiero statistico

p-value

La probabilità di ottenere un valore della tua statistica di test almeno estremo quanto quello osservato, assumendo vera l'ipotesi nulla

Richiede la chiara specifica di:

  • Ipotesi nulla simulabile
  • Statistica di test calcolabile da dati osservati e simulati
  • Definizione di almeno estremo quanto
Casi di studio nel pensiero statistico

Pipeline per il test di ipotesi

  • Indica chiaramente l'ipotesi nulla
  • Definisci la tua statistica di test
  • Genera molti insiemi di dati simulati assumendo vera l'ipotesi nulla
  • Calcola la statistica di test per ogni insieme simulato
  • Il p-value è la frazione degli insiemi simulati per cui la statistica è almeno esterna quanto quella dei dati reali
Casi di studio nel pensiero statistico

Specificare il test

Ipotesi nulla: le durate degli intervalli attivi di wild type ed eterozigoti hanno la stessa distribuzione

Statistica di test: Differenza nella durata media dell'intervallo attivo tra eterozigoti e wild type

Almeno estremo quanto: la statistica di test è maggiore o uguale a quella osservata

Casi di studio nel pensiero statistico

Test di permutazione

Per ogni replicato:

  • Mescola le etichette dei punti dati
  • Calcola la statistica di test
perm_reps = dcst.draw_perm_reps(
    data_a, data_b, dcst.diff_of_means, size=10000
)

Il p-value è la frazione dei replicati almeno estremi quanto l'osservato

p_val = np.sum(perm_reps >= diff_means_obs) / len(perm_reps)
Casi di studio nel pensiero statistico

Esercitiamoci!

Casi di studio nel pensiero statistico

Preparing Video For Download...