Trực quan hóa mô hình Cox

Phân tích Sống sót trong R

Heidi Seibold

Statistician at LMU Munich

Các bước để trực quan hóa mô hình Cox

Ước lượng mô hình Cox
Chọn tổ hợp hiệp biến ("bệnh nhân giả định")
Tính đường cong sống sót
Tạo data.frame chứa thông tin đường cong
Vẽ biểu đồ

Bước 1: Ước lượng mô hình Cox

cxmod <- coxph(Surv(time, cens) ~ horTh + tsize, data = GBSG2)

Chọn tổ hợp hiệp biến ("bệnh nhân giả định")

newdat <- expand.grid(
  horTh = levels(GBSG2$horTh),
  tsize = quantile(GBSG2$tsize, probs = c(0.25, 0.5, 0.75))   )
rownames(newdat) <- letters[1:6]
newdat

  horTh tsize
a    no    20
b   yes    20
c    no    25
...

Bước 2: Tính đường cong sống sót

cxsf <- survfit(cxmod, data = GBSG2, newdata = newdat, conf.type = "none")

str(cxsf)

List of 10
$ n       : int 686
$ time    : num [1:574] 8 15 16 17 18 29 42 46 57 63 ...
$ n.risk  : num [1:574] 686 685 684 683 681 680 679 678 677 676 ...
$ n.event : num [1:574] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ n.censor: num [1:574] 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 ...
$ surv    : num [1:574, 1:6] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:6] "a" "b" "c" "d" ...
$ type    : chr "right"
$ cumhaz  : num [1:574, 1:6] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ std.err : num [1:574, 1:6] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ call    : language survfit(formula = cxmod, newdata = newdat, conf.type = "none", data = GBSG2)
  - attr(*, "class")= chr [1:2] "survfit.cox" "survfit"

Bước 3: Tạo data.frame với thông tin đường cong

surv_cxmod0 <- surv_summary(cxsf)
head(surv_cxmod0)

   time n.risk n.event n.censor surv std.err upper lower strata
 1    8    686       0        1    1       0    NA    NA      a
 2   15    685       0        1    1       0    NA    NA      a
 3   16    684       0        1    1       0    NA    NA      a
 4   17    683       0        2    1       0    NA    NA      a
 5   18    681       0        1    1       0    NA    NA      a
 6   29    680       0        1    1       0    NA    NA      a

surv_cxmod <- cbind(surv_cxmod0,
                    newdat[as.character(surv_cxmod0$strata), ])

Bước 4: Vẽ biểu đồ

ggsurvplot_df(surv_cxmod, linetype = "horTh", color = "tsize",
  legend.title = NULL, censor = FALSE)

Đến lượt bạn trực quan hóa!

Phân tích Sống sót trong R