Xử lý hiệu ứng lô kỹ thuật

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

John Blischak

Instructor

Hiệu ứng lô kỹ thuật là gì?

Mỗi lô của một thí nghiệm hơi khác nhau
Cần cân bằng các biến quan tâm giữa các lô
Nếu cân bằng tốt, có thể loại bỏ hiệu ứng lô

Chẩn đoán hiệu ứng lô kỹ thuật

Kỹ thuật giảm chiều:
- Phân tích Thành phần Chính (PCA)
- MultiDimensional Scaling (MDS)
Xác định nguồn biến thiên lớn nhất trong bộ dữ liệu
Nguồn biến thiên lớn nhất có tương quan với biến quan tâm hay với hiệu ứng lô kỹ thuật?

plotMDS

library(limma)
plotMDS(eset, labels = pData(eset)[, "time"], 
        gene.selection = "common")

removeBatchEffect

exprs(eset) <- removeBatchEffect(eset, 
                  batch = pData(eset)[,"batch"],
                  covariates = pData(eset)[,"rin"])

plotMDS(eset, labels = pData(eset)[, "time"], 
        gene.selection = "common")

Tế bào gốc khứu giác

7 điều trị, 4 lô
- Gói Bioconductor: HarmanData, Harman
- Osmond-McLeod et al. 2013, Oytam et al. 2016

table(pData(eset))

         batch
treatment b1 b2 b3 b4
       t1  1  1  1  1
       t2  1  1  1  1
       t3  1  1  1  1
       t4  1  1  1  1
       t5  1  1  1  1
       t6  1  1  1  1
       t7  1  1  1  1

Cùng luyện tập nào!

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R