Xem kết quả

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

John Blischak

Instructor

Xem kết quả

# Tạo biểu đồ Venn
vennDiagram(results)

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Biểu đồ tần suất của p-value

  • Hàm limma topTable

  • Chỉ định phép tương phản

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Biểu đồ núi lửa

  • Hàm limma volcanoplot

  • Trục x: log-fold change biểu hiện giữa các nhóm được so sánh

  • Trục y: log odds của biểu hiện khác biệt

  • Chỉ định phép tương phản, ví dụ coef = "dox_wt"

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Kiểm định làm giàu KEGG

  • Hàm limma kegga và topKEGG

  • Chỉ định phép tương phản, ví dụ coef = "dox_wt"

  • Chỉ định loài chuột với species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Cùng luyện tập nào!

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Preparing Video For Download...