Dữ liệu biểu hiện khác biệt

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

John Blischak

Instructor

Dữ liệu thực nghiệm

Nghiên cứu ung thư vú
- Gói Bioconductor "breastCancerVDX"
- Công bố trong Wang et al., 2005 và Minn et al., 2007
- 344 bệnh nhân: 209 ER+, 135 ER-
Nghiên cứu bệnh bạch cầu lympho mạn (CLL)
- Gói Bioconductor "CLL"
- BS Sabina Chiaretti và Jerome Ritz
- 22 bệnh nhân: 8 ổn định, 14 tiến triển

Dữ liệu trong R

Ma trận biểu hiện (x)
Dữ liệu đặc trưng (f) - thuộc tính đặc trưng
Dữ liệu kiểu hình (p) - thuộc tính mẫu

Ma trận biểu hiện

hàng = đặc trưng, cột = mẫu

class(x)

"matrix"

dim(x)

22283   344

x[1:5, 1:5]

              VDX_3     VDX_5     VDX_6
1007_s_at 11.965135 11.798593 11.777625
1053_at    7.895424  7.885696  7.949535
117_at     8.259272  7.052025  8.225930

Dữ liệu đặc trưng

hàng = đặc trưng, cột = số lượng thuộc tính bất kỳ

class(f)

"data frame"

dim(f)

22283   3

f[1:3, ]

          symbol entrez   chrom
1007_s_at   DDR1    780  6p21.3
1053_at     RFC2   5982 7q11.23
117_at     HSPA6   3310    1q23

Dữ liệu kiểu hình

hàng = mẫu, cột = số lượng thuộc tính bất kỳ

class(p)

"data frame"

dim(p)

344   3

# er = +/- for Estrogen Receptor
p[1:3, ]

      id age       er
VDX_3  3  36 negative
VDX_5  5  47 positive
VDX_6  6  44 negative

Trực quan hóa biểu hiện gene với boxplot

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(x[1, ] ~ p[, "er"], main = f[1, "symbol"])

Cùng luyện tập nào!

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R