Differential expression analysis

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

John Blischak

Instructor

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

What is the goal of a differential expression analysis?

  • Identify the genes that are associated with a phenotype of interest
  • Examples:
    • The response to a stimulus like a drug
    • Changes during development
    • The effect of a genetic mutation
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Why differential expression?

  • Novelty

    • Are there additional genes of interest?

  • Context

    • Is the measurement for a given gene unique or common?

  • Systems

    • Which biological pathways are important?
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Many steps to complete an experiment

  • Design study
  • Perform experiment
  • Collect data
  • Pre-process data
  • Explore data
  • Test data
  • Interpret results
  • Share results
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Caveats

  • Measurements are relative, not absolute

  • Statistical methods cannot rescue a poorly designed study

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Let's practice!

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Preparing Video For Download...