Giới thiệu về liên kết sai khác

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq với Bioconductor trong R

So sánh mẫu

  • Hai nhóm mẫu: khối u nguyên phát và kháng điều trị.

Những câu hỏi cần trả lời:

  • Mẫu trong cùng nhóm có nhìn chung giống nhau không?
  • Mẫu từ các nhóm khác nhau có khác nhau không?
  • Khác nhau ở điểm nào?
ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Biểu đồ PCA cho dữ liệu ChIP-seq

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Phân cụm phân cấp

Tính khoảng cách giữa các mẫu

distance <- dist(t(coverage))

Tạo cây phân cấp (dendrogram)

dendro <- hclust(distance)

Vẽ dendrogram

plot(dendro)
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Heatmap

Tạo heatmap từ dữ liệu coverage cho các peak

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...