ChIP-seq là gì?

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Bộ dữ liệu

  • Bệnh nhân ung thư tiền liệt tuyến
    • 5 mẫu khối u nguyên phát
    • 3 mẫu kháng điều trị
  • ChIP nhắm vào thụ thể Androgen (AR)
  • AR được hoạt hóa khi gắn với testosterone
  • AR hoạt hóa điều hòa biểu hiện các gen đích
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Truy cập dữ liệu ChIP-seq trong R

  • Nạp tệp BAM
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Lấy tọa độ read
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Tính coverage
coverage(reads)
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Truy cập peak calls

  • Nạp tệp BED
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Lấy tọa độ peak
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Trích xuất điểm số của peak
score(peaks)
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...