Tìm hiểu kỹ hơn về các đỉnh

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Sử dụng Gviz

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Chúng ta đang vẽ gì?

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Chúng ta đang vẽ gì?

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Chúng ta đang vẽ gì?

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Chúng ta đang vẽ gì?

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Thiết lập tọa độ

library(Gviz)

ideogram <- IdeogramTrack("chr12", 
                          "hg19")

axis <- GenomeAxisTrack()

plotTracks(list(ideogram, axis), 
           from=101360000, 
           to=101380000)

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Thêm dữ liệu

cover_track <- DataTrack(cover_ranges,window=100000,type='h',name="Coverage")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, axis), from=101360000, to=101380000)

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Thêm chú giải

peak_track <- AnnotationTrack(peaks, name="Peaks")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, axis), 
           from=101360000, to=101380000)

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Chú giải gene

library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)

tx <- GeneRegionTrack(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene, chromosome="chr12", 
                      start=101360000, end=101380000, name="Genes")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, tx, axis),
           from=101360000, to=101380000)

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...