Nhập dữ liệu

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Xử lý các read trình tự

  • Thường được lưu trong tệp định dạng Binary Sequence Alignment/Map (BAM).
  • Trường của bản ghi BAM:
    • Tên read: SRR1782620.7265769
    • Cờ nhị phân: 0
    • Tên và vị trí sắp hàng trên trình tự tham chiếu: chr20 29803915
    • Chất lượng mapping: 0
    • Chuỗi CIGAR (tóm tắt sắp hàng): 51M
    • Trình tự tham chiếu và vị trí của read bắt cặp (không dùng ở đây): 0 0
    • Trình tự read: AATGAAATGGAA ...
    • Chất lượng read (mã hóa ASCII): CCCFFFFFHHHH ...
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Nhập các read đã map vào R

  • Dùng gói Rsamtools để làm việc với tệp BAM.
  • Rsamtools cung cấp các hàm lập chỉ mục, đọc, lọc và ghi tệp BAM.

Dùng readGAlignments để nhập các read đã map.

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

Trả về đối tượng GAlignments.

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Nhập các vùng đã chọn

  • Dùng BamViews để xác định các vùng quan tâm.
library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)
  • Sau đó nhập read như trước.
reads <- readGAlignments(views)

Hàm BamViews hỗ trợ nhiều tệp BAM.

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Nhập peak call

Dùng import.bed để tải các peak call từ tệp BED.

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

Dùng peaks để xác định các view vào tệp BAM.

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...