Làm sạch dữ liệu ChIP-seq

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Vấn đề thường gặp

Các reads map sai có thể tạo đỉnh giả.

  • Lặp lại trong hệ gen.

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Vấn đề thường gặp

Các reads map sai có thể tạo đỉnh giả.

  • Lặp lại trong hệ gen.

  • Trình tự tham chiếu không đầy đủ.

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Vấn đề thường gặp

Các reads map sai có thể tạo đỉnh giả.

  • Lặp lại trong hệ gen.

  • Trình tự tham chiếu không đầy đủ.

  • Vùng độ phức tạp thấp.

ChIP-seq với Bioconductor trong R

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Thiên lệch khuếch đại

  • Các mảnh DNA tách từ tế bào được nhân bản nhiều lần trước khi giải trình tự.
  • Không phải mảnh nào cũng tạo cùng số bản sao.
  • Nhiều bản sao của cùng một mảnh có thể được giải trình tự.
  • Một mảnh DNA đơn lẻ có thể làm tăng độ phủ và dẫn đến gọi đỉnh sai.
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Báo cáo kiểm soát chất lượng

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Chuẩn bị tệp đầu vào

SampleID Factor Condition Tissue Treatment bamReads Peaks PeakCaller
S1 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S1.bam S1.bed macs
S2 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S2.bam S2.bed macs
... ... ... ... ... ... ... ...
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Làm sạch dữ liệu

  • Loại bỏ reads trùng lặp.
  • Loại bỏ reads có nhiều vị trí khớp.
  • Loại bỏ reads có chất lượng mapping thấp.
  • Loại bỏ các đỉnh trong vùng blacklist.
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Làm sạch dữ liệu

  • Loại bỏ reads trùng lặp.
  • Loại bỏ reads có nhiều vị trí khớp.
  • Loại bỏ reads có chất lượng mapping thấp.
  • Loại bỏ các đỉnh trong vùng blacklist.
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Làm sạch dữ liệu

  • Loại bỏ reads trùng lặp.
  • Loại bỏ reads có nhiều vị trí khớp.
  • Loại bỏ reads có chất lượng mapping thấp.
  • Loại bỏ các đỉnh trong vùng blacklist.
    • Các vùng blacklist có sẵn từ dự án ENCODE.
ChIP-seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

ChIP-seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...