Mô hình DESeq2 - đối sánh (contrasts)

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Quy trình DESEq2

Quy trình DESeq2 - thu nhỏ LFC

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình DESeq2

# Run analysis 
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing
RNA-Seq với Bioconductor trong R

Mô hình phân phối Nhị thức âm DESeq2

Mô hình NB

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Mô hình phân phối Nhị thức âm DESeq2

Mô hình NB 2

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Đối sánh trong DESeq2

results(wt_dds, alpha = 0.05)

đầu ra đối sánh

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Đối sánh trong DESeq2

Cú pháp:

results(dds, 
        contrast = c("condition_factor", "level_to_compare", 
        "base_level"), 
        alpha = 0.05)

wt_res <- results(dds_wt, 
            contrast = c("condition", "fibrosis", 
            "normal"), 
            alpha = 0.05)
RNA-Seq với Bioconductor trong R

Đối sánh trong DESeq2

wt_res

đầu ra đối sánh

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Thu nhỏ LFC trong DESeq2

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))

Biểu đồ MA - hệ số gấp không thu nhỏ

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Thu nhỏ LFC

wt_res <- lfcShrink(dds_wt, 
            contrast=c("condition", "fibrosis", "normal"),
            res=wt_res)

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))
RNA-Seq với Bioconductor trong R

Thu nhỏ LFC

Biểu đồ MA - hệ số gấp đã thu nhỏ

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...