Tổng quan về phân tích DE

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Ôn tập dữ liệu/câu hỏi

thí nghiệm xơ hóa

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Tổng quan về phân tích DE

Quy trình DESeq2

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình DESeq2 - mô hình

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình DESeq2: Mô hình

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

đối tượng deseq

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình DESeq2: Công thức thiết kế

metadata ví dụ

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình DESeq2: Công thức thiết kế

metadata ví dụ

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình DESeq2: Chạy phân tích

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

Đối tượng DESeq

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...