Chuẩn hóa số đếm

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

quy trình - chuẩn hóa

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Chuẩn hóa số đếm

các phương pháp chuẩn hóa

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Chuẩn hóa theo độ sâu thư viện

các phương pháp chuẩn hóa

RNA-Seq với Bioconductor trong R

các phương pháp chuẩn hóa

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Hiệu ứng thành phần thư viện

Thành phần RNA - chuẩn hóa

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Chuẩn hóa bằng DESeq2

ví dụ median of ratios

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Số đếm đã chuẩn hóa: cách tính

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

hệ số kích thước

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Số đếm đã chuẩn hóa: trích xuất

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

normalized_counts

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...