Quy trình RNA-Seq

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Quy trình RNA-Seq: Thiết kế thí nghiệm RNA-Seq

  các mẫu lặp sinh học

  • Lặp kỹ thuật: Thường có biến thiên kỹ thuật thấp, nên không cần thiết.

  • Lặp sinh học: Tối quan trọng cho phân tích biểu hiện khác biệt RNA-Seq. Càng nhiều càng tốt, tối thiểu là 3.

  • Hiệu ứng lô: Tránh tối đa và ghi lại mọi biến thí nghiệm.

RNA-Seq với Bioconductor trong R

quy trình

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Chuẩn bị RNA-Seq

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Kiểm soát chất lượng

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình RNA-Seq: Kiểm soát chất lượng

Chất lượng chuỗi đọc

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Căn chỉnh

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình RNA-Seq: Căn chỉnh

Căn chỉnh lên hệ gen

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Định lượng

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình RNA-Seq: Ma trận đếm

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Ma trận đếm

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình đầy đủ

RNA-Seq với Bioconductor trong R

kết quả ví dụ

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Quy trình đầy đủ

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Đến lượt bạn!

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...