Phân cụm không giám sát

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Mary Piper

Instructor

Quy trình DESeq2 - QC

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân cụm không giám sát: biến đổi log

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq với Bioconductor trong R

ví dụ heatmap

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân cụm phân cấp với heatmap tương quan

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

ma trận tương quan

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân cụm phân cấp với heatmap tương quan

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân cụm phân cấp với heatmap tương quan

heatmap wildtype

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...