Phân tích thành phần chính

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Ví dụ PCA

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân tích thành phần chính (PCA): Lý thuyết

pca 2 mẫu

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân tích thành phần chính (PCA): Lý thuyết

pc2

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân tích thành phần chính (PCA): Lý thuyết

Ảnh hưởng của PC

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân tích thành phần chính (PCA): Lý thuyết

Ảnh hưởng PCA

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân tích thành phần chính (PCA): Lý thuyết

Ảnh hưởng PCA

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5
RNA-Seq với Bioconductor trong R

Giá trị mẫu PCA

RNA-Seq với Bioconductor trong R

ví dụ pca

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Phân tích thành phần chính (PCA): Lý thuyết

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Cùng luyện tập nào!

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Preparing Video For Download...