Đối tượng và Nhãn

Phân tích ảnh Y sinh học bằng Python

Stephen Bailey

Instructor

Phân đoạn tách ảnh thành các phần

phân đoạn tế bào

phân đoạn não

Cơ sở dữ liệu Tim mạch Sunnybrook

Phân suất tống máu: tỷ lệ máu được bơm ra khỏi thất trái (LV) của tim.

minh họa phân suất tống máu

Ảnh tim mạch

Gán nhãn các thành phần ảnh

mặt nạ tim 2D

Gán nhãn các thành phần ảnh

import scipy.ndimage as ndi
im=imageio.imread('SCD4201-2d.dcm')
filt=ndi.gaussian_filter(im, 
                         sigma=2)
mask = filt > 150

labels, nlabels = ndi.label(mask)

nlabels

plt.imshow(labels, cmap='rainbow')
plt.axis('off')
plt.show()

các vùng đã gán nhãn

Chọn nhãn

Chọn một nhãn trong ảnh:

np.where(labels == 1, im, 0)

Một nhãn

Chọn nhiều nhãn trong ảnh:

np.where(labels < 3, im, 0)

Hai nhãn

Trích xuất đối tượng

Hộp bao: phạm vi pixel bao trọn một đối tượng
ndi.find_objects() trả về danh sách tọa độ hộp bao

ảnh đã gán nhãn với hộp bao

Trích xuất đối tượng

labels, nlabels = ndi.label(mask)
boxes = ndi.find_objects(labels)

boxes[0]

(slice(116,139), slice(120, 141))

nhiều hộp ảnh

Cùng luyện tập nào!

Phân tích ảnh Y sinh học bằng Python