Đo theo thời gian

Phân tích ảnh Y sinh học bằng Python

Stephen Bailey

Instructor

Ejection fraction

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

nhịp tim

Ejection fraction

Quy trình

Phân đoạn thất trái
Với mỗi thể tích 3D trong chuỗi thời gian, tính thể tích
Chọn giá trị nhỏ nhất và lớn nhất
Tính ejection fraction

Tính thể tích cho từng mốc thời gian

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

biểu đồ chuỗi thời gian

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

Tính ejection fraction

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

cực đại - cực tiểu cạnh nhau

Cùng luyện tập nào!

Phân tích ảnh Y sinh học bằng Python