코드가 느립니다!

효율적인 R 코드 작성

Colin Gillespie

Jumping Rivers & Newcastle University

코드가 정말 느린가요?

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코드가 정말 느린가요?

벤치마킹

벤치마킹할 기능을 함수로 만듭니다.
다양한 시나리오(예: 데이터셋)에서 함수의 실행 시간을 측정합니다.

예시: 숫자 수열

$$ 1, 2, 3, \ldots, n $$

옵션 1

1:n

옵션 2

seq(1, n)

옵션 3

seq(1, n, by = 1)

함수 래핑

colon <- function(n) 1:n
colon(5)

1 2 3 4 5

seq_default <- function(n) seq(1, n)
seq_by <- function(n) seq(1, n, by = 1)

system.time()으로 시간 측정

system.time(colon(1e8))

#   user  system elapsed
#  0.032   0.028   0.060

system.time(seq_default(1e8))

#   user  system elapsed
#  0.060   0.028   0.086

system.time(seq_by(1e8))

#   user  system elapsed
#  1.088   0.520   1.600

user 시간은 사용자 명령 실행에 사용된 CPU 시간입니다.
- system 시간은 호출 프로세스를 위해 시스템이 사용한 CPU 시간입니다.
- elapsed 시간은 user와 system의 합계로, 일반적으로 가장 중요한 값입니다.

결과 저장

다음 코드의 문제점은

system.time(colon(1e8))

결과가 저장되지 않는다는 것입니다. 결과를 저장하려면 코드를 다시 실행해야 합니다.

res <- colon(1e8)

<- 연산자는 다음 두 가지를 모두 수행합니다:

인수 전달
객체 할당

system.time(res <- colon(1e8))

= 연산자는 다음 중 하나만 수행합니다:

인수 전달
객체 할당

# Raises an error
system.time(res = colon(1e8))

상대 시간

방법	절대 시간(초)	상대 시간
`colon(n)`	0.060	$0.060/0.060 = 1.00$
`seq_default(n)`	0.086	$0.086/0.060 = 1.40$
`seq_by(n)`	1.607	$1.60/0.060 = 26.7$

microbenchmark 패키지

함수 비교
- 각 함수를 여러 번 실행

library("microbenchmark")

n <- 1e8
microbenchmark(colon(n),
               seq_default(n),
               seq_by(n),
               times = 10) # Run each function 10 times

# Unit: milliseconds
#           expr  min   lq  mean  median   uq  max neval cld
#       colon(n)   59  130   220     202  341  391    10  a
# seq_default(n)   94  204   290     337  348  383    10  a
#      seq_by(n) 1945 2044  2260    2275 2359 2787    10   b

연습해 봅시다!

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