DE 분석 개요

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

데이터셋/질문 검토

fibrosis_experiment

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

DE 분석 개요

DESeq2 워크플로

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

DESeq2 워크플로 - 모델

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

DESeq2 워크플로: 모델

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

deseq 객체

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

DESeq2 워크플로: 디자인 공식

example_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

DESeq2 워크플로: 디자인 공식

example_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

DESeq2 워크플로: 실행

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

DESeq 객체

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

연습해 봅시다!

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

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