카운트 정규화

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

워크플로우-정규화

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

카운트 정규화

정규화 방법

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

라이브러리 깊이 정규화

정규화 방법

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

정규화 방법

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

라이브러리 구성 효과

RNA 구성 - 정규화

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

DESeq2 정규화

median of ratios 예시

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

정규화 카운트: 계산

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

크기 인수

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

정규화 카운트: 추출

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

정규화된 카운트

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

연습해 봅시다!

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

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