RNA-Seq 워크플로

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

RNA-Seq 워크플로: RNA-Seq 실험 설계

  생물학적 반복

  • 기술적 반복: 기술적 변이가 낮아 일반적으로 불필요합니다.

  • 생물학적 반복: RNA-Seq 차등 발현 분석의 성공에 필수적입니다. 반복이 많을수록 좋으며, 최소 3회는 필요합니다.

  • 배치 효과: 최대한 피하고 모든 실험 변수를 기록하십시오.

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워크플로

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RNA-Seq 준비

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QC

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RNA-Seq 워크플로: 품질 관리

시퀀스 품질

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정렬

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RNA-Seq 워크플로: 정렬

게놈 정렬

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정량화

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RNA-Seq 워크플로: 카운트 행렬

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

카운트 행렬

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전체 워크플로

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결과 예시

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연습해 보겠습니다!

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