비지도 클러스터링 분석

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

Mary Piper

Instructor

DESeq2 워크플로 - QC

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

비지도 클러스터링 분석: 로그 변환

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

히트맵 예시

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

상관 히트맵을 이용한 계층적 클러스터링

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

상관 행렬

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

상관 히트맵을 이용한 계층적 클러스터링

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

상관 히트맵을 이용한 계층적 클러스터링

야생형 히트맵

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

연습해 봅시다!

R로 하는 Bioconductor 기반 RNA-Seq

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